故事发生在清朝末年，戏院中，一出精彩的《十八罗汉斗悟空》正在上演，台下坐着的，是崇洋媚外的汉奸玉面虎和俄国大使。忽然之间，台上正在表演的演员们冲下了台，想要刺杀玉面虎，然而刀枪哪有子弹快，刺杀行动失败了，刺客之一铁猴子救…

公元2035年，人类被12只猴子军研制的一种病毒侵袭，大部分人类都在这场病毒灾难中死亡，只有少数人侥幸逃生，但也只能在阴暗的地下苟且偷生。科学家们决定派James Cole穿越时光回到1996年追查12只猴子军的来历，一场跨时空的冒险之旅已经…